Deşi nu a fost bine primit de fanii succesorului, CRX, modelul hibrid Honda CR-Z continua să fie vândut, iar pentru anul 2016 acesta mai trece printr-un facelift. Faţă de facelift-ul din 2012, modificările de acum sunt mult mai consistente. Exteriorul lui Honda CR-Z a devenit mult mai dinamic
datorită noii bare de protecţie faţă care dispune acum de un element în formă de aripă integrat în partea de jos al
calandrului modificat, conectându-l pe cel din urmă cu prizele de aer laterale vizual mărind lăţimea maşinii.
Aceeaşi idee o are şi bara spate, în timp ce aceste aripi stilate pot fi vopsite în gri sau negru lucios. Tabloul este completat de blocurile faţă LED opţionale, jantele cu design nou şi
de multitudinea accesoriilor, printre care spoilerul spate sau inserţiile pilonilor de culoare contrastantă.
Interiorul primeşte finisaje noi şi o consolă centrală modificată cu inserţie de culoare neagra unde se regăseşte şi noul sistem multimedia cu display de 7 inch. Noua Honda CR-Z facelift vine şi cu buton de pornire, frână de mână electrică şi sistem ce urmăreşte marcajele rutiere.
Pentru a îmbunătăţi manevrabilitatea stabilizatorul faţă a fost îngroşat de la 19 la 20 mm, iar ecartamentul spate a fost mărit cu 10 mm. Sistemul hibrid a rămas neschimbat, fiind format dintr-un propulsor pe benzină de
1.5 litri şi un motor electric, oferind o putere combinată de 130 CP şi 190 Nm (172 Nm pe versiunea cu variator CVT) şi un consum de 6.3 l/100 km.